Günümüzde etkin olarak kullanılmaya devam eden tarihî Kaynarca Değirmeni'nin mevcut yapısal sorunlarını gidermek ve kullanıcılarına çağdaş koşullar sağlamak amacıyla koruma-onarım projesi hazırlanmıştır. Bu kapsamda yapının zaman içerisinde karşılaştığı niteliksiz uygulamalar, muhdes ögeler ve malzemeler giderilmiş; yapıdan gelen izlerden yararlanılarak cephe ve  plan düzeni yeniden kurgulanmış ve yakın çevresi düzenlenmiştir.